抗日战争中，日军第十六师团是与一系列暴行密不可分的：开展“百人斩”杀人比赛;参与实施南京大屠杀……连当时的日本陆军部人事局长都说：“第十六师团长中岛今朝吾的战斗指导是违背人道的。”可见，第十六师团的暴行达到了多么严重的程度。那么，日军第十六师团究竟是一支怎样的部队，最终又是怎么覆灭的呢?
日军第十六师团是日本陆军甲等常设师团，装备精良，始编之年即参加了日俄战争
日军第十六师团于1905年在京都编成，其司令部设于京都，官兵主要来自京都、三重县和奈良县，故又称为“京都师团”。该师团为日本陆军甲等常设师团，装备精良，兵员满员，战斗力较强，在编成的当年即参加了日俄战争。
卢沟桥事变爆发后，日本开始了全面侵华战争。为此，日本进行了战争动员，开始大量征兵，作为甲等师团的第十六师团也由平时的18000人扩充到战时的约25000人。
1937年9月，第十六师团在天津塘沽港登陆，编入日军华北方面军第二军战斗序列。随后，曾参加过子牙河等地区的战斗。1937年10月底，第十六师团被编入上海派遣军战斗序列，由华北调往上海。此时的第十六师团，以中岛今朝吾中将为师团长，中泽三夫大佐为参谋长，下辖步兵第十九旅团，旅团长为草场辰已少将(辖步兵第九联队，联队长为片桐护郎大佐、步兵第二十联队，联队长为大野宣明大佐);步兵第三十旅团，旅团长为佐佐木到一少将(辖步兵第三十三联队，联队长为野田谦吾大佐、步兵第三十八联队，联队长为助川静二大佐);骑兵第二十联队，联队长为笠井敏松中佐;野炮兵第二十二联队，联队长为三国直福大佐;工兵第十六联队，联队长为今中武义大佐;辎重兵第十六联队，联队长为柄泽畔夫中佐。
在进军南京途中，制造了无数暴行，开展“百人斩”杀人比赛即为其一
第十六师团在上海附近登陆时，日军已占领了上海，于是，时任日军华中方面军司令官的松井石根即命令该师团向南京追击从上海撤退的中国军队。
第十六师团在中岛今朝吾的率领下，先后攻占了常熟、苏州、无锡、常州、丹阳、句容、汤水镇、麒麟门，进抵南京东郊的紫金山一线。
该师团沿途烧杀淫掠，其暴行不胜枚举。在向南京进军的途中，该师团由于进军速度太快，补给跟不上，便下令就地“征收”粮秣，所谓“征收”，实际上就是掠夺。
当时被日本《东京日日新闻》等报纸大肆宣扬的所谓“百人斩”就发生在该师团。第十六师团在从无锡向常州追击过程中，该师团第十九旅团步兵第九联队第三大队副官野田毅少尉和大队炮小队长向井敏明少尉，相约在到达南京时，看谁先用日本刀斩杀满
100人。此后，两军官开始大肆斩杀，在到达南京城外的紫金山时，野田毅斩杀了105人，而向井敏明斩杀了106人。
对于俘虏，第十六师团师团长中岛今朝吾在其日记中记述说：“基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针”
1937年12月10日，日军向南京城发起总攻击，第十六师团的主攻方向为中山门。要占领中山门，必须先占领中山门外的制高点紫金山。
12日，第十六师团步兵第三十三联队在重炮的掩护下，向紫金山顶峰发起攻击，战斗异常激烈，紫金山上一片火海。经过激烈的战斗，日军在付出沉重代价后占领了紫金山主峰。
1937年12月13日凌晨，第十六师团步兵第二十联队占领了中山门。当天，该师团第三十三联队和第三十八联队在轻型装甲车的配合下，从太平门外沿玄武湖急进至南京城北的下关江边，以截断中国军队的退路。
下午，当第三十三、第三十八联队进至下关时，长江边有大批准备渡江的中国军人，江面上也有许多正在渡江的中国军人。日军立即用机枪进行猛烈扫射，一时间江水被染得殷红。
